根據中國科技信息研究所發布的《2004年度中國科技論文統計與分析》年度研究報告，我國2004年度在CSTPCD（中國科技論文與引用數據庫）上發表論文數前10名科研機構中，我院居第五位，共發表論文275篇，比2003年度100篇（排第31位）增長175%。前4名均為中科院系統的研究所。
　　在2004年度基金與資助論文數排名中，我院排列第8名，本年度共發表論文199篇，比2003年度增加了99篇，前7名為中科院下屬研究所和中國水產研究院。
　　此外，2004年度科技論文被引用次數在前50名研究機構中，我院排41位，被引用次數為394次，是全國農業科研機構中排列最前的。